巴氏杀菌大大降低了的风险，并将保质期延长了数天或数周。然而，它确实会影响食物的质地、风味和营养价值。例如，果酱低温巴氏杀菌流水线报价，巴氏杀菌会增加维生素 A 的浓度，降低维生素 B2 的浓度。巴氏消毒和未消毒的牛奶之间的颜色差异实际上不是由巴氏消毒引起的，而是由巴氏消毒之前的均质步骤引起的。果汁巴氏杀菌对颜色没有显著影响，果酱低温巴氏杀菌流水线基地，但会导致一些香气化合物的损失以及维生素 C 和胡萝卜素（维生素 A 的一种形式）的减少。蔬菜巴氏杀菌会导致一些组织软化和营养变化。一些营养水平降低，而另一些则增加。
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巴氏杀菌的代替方式：
1、脉冲强光杀菌：利用强烈白光闪照的技术进行杀菌，果酱低温巴氏杀菌流水线制造商，该技术一般用于处理食品的表面杀菌，可以延长透明物料的预包装食品的货架期。
2、磁场杀菌：无论是恒定磁场还是脉冲磁场都能有效地抑制某些微生物和细菌的生长，当达到一定的磁场强度时利用通过抑制食品的自由基活动、影响蛋白质和酶的活性使酶、氨基酸、核酸、蛋白质等生物大分子失去活性，细菌。
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巴氏杀菌早用于牛乳消毒，以杀灭主要对象菌——为目标，四川果酱低温巴氏杀菌流水线，并温下保存期限的要求。经巴氏杀菌后的产品，因其中尚存在有非致病的芽孢菌，在常温下可能繁殖，因而只有有限的货架寿命。若要储藏，则还需要与其他保藏手段相结合，如冷藏、发酵、加入添加剂（、糖、防腐剂及低水分活度物质）、包装、脱氧剂等。市售无菌乳在2~4℃下保存，即为常见的例证。
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